ان كروموسوم Y يتم نقله الى الجيل التالي من خلايا الحيوانات المنوية. فهو يحمل الجينات التي تتحكم في نمو الخصية وإنتاج الحيوانات المنوية. عند تكوين كل خلية منوية فردية، يتم تقسيم الحمض النووي للكروموسوم الى قطع وتكرارها ثم تجميعها مرة أخرى. مما يؤدي الى تغييرات وترتيبات طفيفة. في بعض الأحيان يمكن ان تحدث عمليات حذف صغيرة للأجزاء. إذا لعبت هذه الأجزاء دورا مهما في خصوبة الذكور، فيمكن ان يكون لهذا الحذف تأثيرا شديدا. تعرف هذه الحالات باسم (الحذف الصغير لكروموسوم Y ) . وهي موجودة عند حوالي 7% من الذكور المصابين بالعقم. عادة تكون الاعراض الوحيدة التي يتم ملاحظتها هي الاثار السلبية على انتاج الحيوانات المنوية.
هناك مستويات من الشدة فيما يتعلق بالتأثير على الخصوبة، اعتمادا على موقع الحذف وحجمه. يوجد ثلاث مناطق على الكروموس م Y يتم تحديدها لتكون مسؤولة عن اجزاء انتاج الحيوانات المنوية.ويمكن اجراء عمليات الحذف في أي منها او بأجزاء منعدد منها وتم تسميتهم AZFc, AZFb, AZFa.
ان عمليات الحذف في AZFa هي الأكثر ندرة، وتشكل حوالي 6% من حالات حذف كروموسوم Y . وتكون تأثيراتها شديدة. وتسبب متلازمة خلايا سيرتولي فقط. في هذه الحالة فقط الخلايا التي تدعم انتاج الحيوانات المنوية تكون موجودة في الخصيتين، بينما الخلايا التي فعليا أصبحت حيوانات منوية تكون مفقودة نظرا لخطورة هذه الحالات، لا يوجد علاج حاليا.
اما عملياتت الحذف AZFB فهي تمثل 14% من حالات حذف الكروموسوم Y ، الذكور الذين يعانون من هذا الحذف فان الخلايا التي من المفترض ان تصبح حيوانات منوية تكون موجودة في الخصيتين لكنها لا تنضج كما ينبغي.
يوجد الكثير من الأبحاث التي تركز على طرق حث هذه الخلايا على التطور بشكل صحيح، ولكن لا يوجد لها علاج حاليا. ومع ذلك هناك امل في العثور على خلايا حيوانات منوية بالنسبة للذكور الذين يعانون من AZFb. باستخدام اخراج الخصية.
تكون عمليات الحذف في منطقة AZFc اقل حدة وأكثر شيوعا بشكل طفيف وتشكل 66% من الحالات. قد يعاني الذكور المصابين من فقد الحيوانات المنوية، الا ان الكثير منهم يمتلك خلايا منوية قابلة للحياة في الخصيتين والتي يمكن استخلاصها. والبعض الاخر سيكون لديه اعداد قليلة من الحيوانات المنوية في السائل المنوي. ان هؤلاء الرجال يمكن ان يكون لديهم أطفال بيولوجيون من خلال الحقن المجهري، الا ان هناك ادلة على ان كمية الحيوانات المنوية يمكن ان تقل بمرور الوقت وبالتالي يوصى بتجميد الحيوانات المنوية.
يتم تشخيص الحذف الصغير للكروموسوم Y من خلال الاختبارات المخبرية.